Sở Khoa học và Công nghệ thành phố Đà Nẵng được thành lập trên cơ sở hợp nhất Sở Khoa học và Công nghệ thành phố Đà Nẵng và Sở Thông tin và Truyền thông theo Nghị quyết số 01/NQ-HĐND ngày 20/02/2025 của HĐND thành phố Đà Nẵng.
Ngày 26/02/2025, UBND thành phố Đà Nẵng đã ban hành Quyết định số 07/2025/QĐ-UBND Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Khoa học và Công nghệ thành phố Đà Nẵng. Việc tổ chức lại các phòng, đơn vị sẽ thực hiện theo phương án đã được UBND thành phố phê duyệt.